马芳和李成梁走后，朱载坖开始认真思考设立一个专司军务的衙门的必要性，现在大明的军事决策和一般政务一样的流程，保密性不高，这是朱载坖最担心的一点，三军之事，莫重于密，把军机要务和与一般的政务混杂在一起处理，朱载坖认为是不合适的。

而且由于大明的政体，导致不管是阿猫阿狗都可以直接上疏干预朝廷的军事决策，这些上疏的人，往往都是些纸上谈兵之辈，真正在边关浴血奋战的将帅，反而被剥夺了在军事决策上的发言权，朱载坖认为这是没有道理的，行军用兵这样的大事，不征求边关大将的意见，反而去听这些不识兵戈的文臣之言，不误国那才是怪事呢！

大明最后不就是这样吗？忽悠皇帝如骗狗一样，上来就是计五年，全辽可复也！反正是一个敢说，一个敢信，不亡国那才是咄咄怪事！

所以朱载坖决心以这次对土蛮的出塞打击作为改变的起点，朱载坖一向是坐起立行的人，当即召见内阁辅臣，告诉他们自己的想法。

朱载坖认为，现在要对土蛮用兵，这是大明数十年未有之事，官军主动出塞迎敌，只可胜，不可败，朝廷上下务必要重视此事，尤其是保密问题，此事一定要作为朝廷的绝密，不能泄露给不相干的官员们知道，所以朱载坖想要专门设立一个机构，来处理蓟辽大宁的事情。

同时将涉及此事的重臣们都召集到这个机构中去，和内阁一样，直接对朱载坖负责，专门办理有关对土蛮作战的事情，不仅如此，将亲军诸卫、京营的整训还有蓟镇新军的编练、国子武学等诸事都纳入这个机构的管理。

其实朱载坖一说，内阁辅臣们都明白朱载坖的意思，就是要将行军用兵单独拿出来，从内阁庶务中分离，由朱载坖直接过问，加强皇帝对于军队和军务的控制，这也并不是什么稀奇的事情，但是这样一来，内阁就丧失了对于军务的管理权，同时兵部的作用也降低了。

这是会遭到反噬的，高拱等人都劝朱载坖慎重，因为涉及到官署的设置，而且是侵夺其他衙门的权力，恐怕没有那么顺利的，尤其是兵部经过百余年，好不容易才把五军都督府架空，独揽军政，现在要兵部把到嘴的肉给吐出来，绝非易事。

辅臣们都劝朱载坖慎重，但是朱载坖决心已定，他早就对大明的这套指挥体系不满意了，这次借着对土蛮用兵，朱载坖要将军政大权上收。

当然，朱载坖也不傻，朱载坖的第一步是将原本给戚继光的练兵总理大臣撤销，下令设立练兵军务处，新设立的练兵军务处权限可比之前的练兵总理大臣要大多了，不仅包括蓟镇新军的编练，京营、亲军诸卫、水师、国子武学等隆庆以来设立的新军，都归其管理。