高拱的话很得朱载坖的青睐，朱载坖也是这么认为的，京操班军事朝廷重根本的手段之一，通过将地方军队中的精锐轮班到京师三大营训练，一方面保证地方卫所中始终有部分可用之兵，同时加强京师附近的武装力量，始终保持居京师而控天下的局面，所以内阁的意思是京操班军制度决不能废。

这点朱载坖是同意的，朱载坖也认为不能够将京操班军予以撤销，这样会影响朝廷对于地方的控制，而且中部各省，承平日久，军旅废弛，一旦有事，不能应变，这也是朱载坖很担心的事情，所以从朱载坖的角度来看，京操班军决不能废弛，而是要坚持下去。

张居正也说道：“陛下，京操之弊，大半源于卫所军官也，领班之将复多贪渔，富者贿免，贫者气夺。彼其数千里裹粮赴命，流汗浃踵而不得休。乃使 之营不急之务，应无艺之工，重为其帅所苦。”

张居正认为京操的弊端和这些卫所军官们脱不了干系，要用严刑峻法惩治这些卫所军官，使得他们不敢玩法懈怠，以京操中最严重的弊端，役使班军而言，张居正就认为，班军被役作苦工并不单纯是朝廷的政策，也是军官们的意图。唯有如此，他们手中掌握的大量苦力便成了无数渔利的手段，官利用控制班军的机会对军士巧取豪夺，同时把军士当成私人奴隶卖工赚钱，这些事情都是常有的。

张居正认为，要严加整顿，以严刑峻法使得这些军官不敢苛待军士，张居正说道：“陛下，向来自京班言之，春秋分二班矣，然皆具其名而无其人也。 本户醵金包折于领班之官，军便于家居，官便于厚利。稍出其以为雇点之资，上下各以文具相欺，实数何有，所谓卫神京者安在耶？”

这是现在普遍存在的事情，军士为了避免京操，只得贿赂军官，军官则以虚名搪塞，真正到京师应操的十之一二罢了。

朱载坖当然知道这些顽疾，他对参赞军务大臣们说道：“诸位，班军入卫神京，事关重大。近因承平日久， 视为故事。军每逾期不赴，粮则久借不还。倘若边报日严，库藏如洗，非籍明旨申严，日复一日，误事非轻，须得严加整顿，朕不能等闲视之。”

对于现在京操班军存在的各种问题，朱载坖当然是知道，朱载坖说道：“朕非不知班军之弊也，兵士受粟布于公门，纳月钱于私室，于是手不习击刺之法，足不习进退之宜，第转货为商， 执技为工，而以工商所得补纳月钱。民之膏血，兵之气力，皆变为金银以惠奸宄。一旦率以临敌，如驱羊拒狼，几何其不败也？然京操乃强根本，卫神京之策，断不可以等闲视之。”

朱载坖命令以练兵军务处为整顿京操班军的机构，首先查实现在每次京操班军的实有数量，各都司卫所向京师派遣的军士数量，弄清楚了这些情况，才能够为下一步具体政策提供依据。

同时朱载坖下达诏令，命令日后不管任何营建，都不允许役使班操京军，各勋臣府邸也将自己占役的班操军士退还，否则朱载坖一经查出，必遭严惩。