水师应当横行于海上，而不是缩在港口搞什么避战保船，朝廷制造战船、训练水师，就是为了决胜负于海上的，朱载坖和俞大猷等人商量之后，认为水师的指挥体系应该予以理顺。

朱载坖召集所有的参赞军务大臣们，商量水师的指挥问题，水师的主要任务包括两个，第一是保卫大明的沿海不受侵犯，第二就是远出重洋，在大洋上击败敌国的水师，进而控制海域，切断敌国的海上交通，甚至攻击其港口。

所以水师不可避免的要分为近岸水师和远洋水师，近岸水师主要装备中小型的战舰，还有沿岸的各处炮台，都归属于近岸水师管辖，近岸水师和陆师的联系是很深的，朱载坖和参赞军务大臣们商量之后认为，这部分水师仍旧由各提督军务总兵官指挥是合适的，他们的作战目的主要是防御性质的，保卫大明的海岸线和近海防御。

但是远洋水师则不同了，远洋水师本就是进攻性的，将他们束缚在陆地是不合适的，朱载坖认为应当组建三支远洋水师舰队，北洋水师，负责山东、北直隶、辽东远海的防御，提督驻节天津，于大连、登州设置南北两协，主要的作战对象是倭国。

东海水师，负责南直隶、浙江、福建三省的远海防御，提督驻节宁波，于松江、厦门设置南北两协，主要的作战任务是遮蔽东南，严防倭国、西夷袭扰大明的东南。

南洋水师，负责广东、广西、缅甸三省的远海防御，提督驻节广州，于仰光、琼州设置南北两协，主要是防备西夷对大明的窥视，同时经略南洋。

远洋水师装备的战船，最少也要一千料以上，主要装备各种大型战舰，是真正争雄于海上的劲旅，朱载坖任命俞咨皋为南洋水师提督，汤克宽为东洋水师提督，陈璘为北洋水师提督，三部远洋水师，直接受练兵军务处的指挥，有战事直接向练兵军务处汇报，至于员额、军器、船只等，仍然由兵部负责。

朱载坖对于军务的种种调整措施，经由练兵军务处向大明发出，昭示了这个刚刚成立的部门在军务上的话语权，明眼人都看得出来，内阁已经失去了在军务上的权力，原本由内阁负责处理的军务，已经转移到了练兵军务处。

同时五军都督府传令下辖的各都司卫所，要求有班操京军任务的都司卫所，要按时足额的将班操京军调动到京师来，如果仍旧像之前那样敷衍塞责，五军都督府到时候肯定会具本题参的。

户部也提前准备相应的粮秣，在沿途囤积，以供士卒们食用，工部在京师城外修建营房，以供班操京军住宿，朱载坖还命令户部，先给班操军士预发一月饷银，鼓励军士上京班操。