同时朱载坖召集练兵军务处的大臣们，制定大明的军队条例和修订军纪、军法，大明在建立之初，也曾经有一支军纪严明的军队，太祖在北伐的时候就告诫中山王徐达道：“毋杀人，毋携妇女，毋烧房屋， 违者依军法斩。”开国的名将如中山王徐达、岐阳王李文忠等人也都是治军严格的人。

太祖皇帝就曾经说过：“用兵必严号令，使赏罚明，赏罚既明，摧坚抚顺，易为成功。”

成祖皇帝也是娴于军务的，他深知兵众而不知律，必为寇所乘，所以治军一样很严格，但是随着天下承平日久，军纪松懈，各级将校率先放纵自己，士卒们连基本的温饱都不能满足，自然谈不上什么军纪了，朱载坖即位以来，一直致力于保障士卒的待遇，现在就要是严肃军纪，恩威并施的时候了，朱载坖可不想养出一帮五代的骄兵悍将来。

所以朱载坖要求练兵军务处制定通行全军的军纪条例，不仅仅要制定详细的条令条例，更要使得士卒们牢记条例，遵守条例，朱载坖对于新的条例，提出了三个意见，第一，确保士兵人人知我之令。即让每位士兵熟悉军纪条款，通过发放并抽查来加深记忆，犯小过者背诵条款可获减罚。 第二，同士兵阐明守纪之重要，告诫士兵军队旨在保护百姓，百姓养育之恩应铭记，危难之时应挺身而出，而非背信弃义，否则天理不容。第三，坚决执行纪律。有违犯纪律的，无论官爵大小，甚至是皇亲国戚，一律严惩。

朱载坖还特意指出，主要参考戚继光在蓟镇新军中实行的军法，制定简明通俗的条令条例。

而对于京操班军，在狠狠杀了一批刺头之后，朱载坖也给予了安抚，朱载坖从内承运库拨银，给当日没有参与的士卒每人赏银钱一两，然后从国子武学抽调军官到京操班军中担任基层军官，锻炼他们的带兵能力，朱载坖深知，带兵的要义是不能让士卒们闲下来，一旦士卒们闲下来，就很容易出事情。

所以朱载坖命令马芳等人，在休整完毕之后，将京操班军组织起来，立即展开训练，务必要认真操练，不得练习他们无用花哨之艺，要重点训练单兵武艺和协同作战能力，同时使士卒明金鼓、知号令，提高班操京军的反应能力。

而戚继光也向朱载坖上疏，再次提及家丁的问题，虽然朱载坖对于家丁已经做了很多限制，但是戚继光在奏疏中说：“各镇又专恃家丁杀贼，所部卒亦不练， 以此御虏，固宜其不恪也。”

现在九边将帅仍然很重视家丁，这对于大明官军来说是极为不利的。