不过，把天下所有出家人都给宫掉，未免太骇人听闻，吓着了不明真相群众。所以，黄太祖下旨，给所有出家人一个选择，是出家当真僧（道），还是选择当俗僧（道）。前者为天朝正式认可的出家人，后者则变成到寺庙侍奉出家人，学习经义知识的信仆。天朝绝不勉强，每一位出家人都可以自由选择。
对于真正的出家人，一律由朝廷发放贴金度牒，并发放津贴，还给安排信仆侍奉。不过，这些出家人，以后就手不能沾铜臭，身不可碰异性，与红尘了断，其生活打理，全部交由信仆——就是安心当甩手掌柜。
至于那些位不肯自宫的信仆，对不起，交由六大门派统一清理、整顿、筛选、培训、考核，然后凭证重新上岗。所有寺庙一律向信众财务公开，并由六大门派监督。寺庙收入，除了用于自身正常开支外，节余部分要接受统一调度，为地方兴办扫盲教育、修路造桥、扶贫帮困、建设医疗卫生，以及大力捐助公门主导的各项慈善工作。
后来，在朝臣的建议下，黄太祖又对一些德高望重、学识丰厚的高僧大师们网开一面，不肯自宫的人可以改为俗修，发贴银度牒。这些俗修的今后的任务，就是专门研究各教的经书法典，成为宗教方面的学术大师。
作为“白马寺之变”的直接后果，天朝在剥夺了所有寺庙财富和经济大权的同时，制订出了一套极其严厉的宗教政策，以防止出家人不守戒律，为非作歹，搞得人神共愤。朝廷成立了宗律院，掌管天下所有宗教事宜。
除了已有的佛道两大道，旧天方教在铁船寇之祸后已经被天朝彻底放逐，后有随太祖于新月地起兵的天方贤者，修改经义，创建了天方新教，也因此与旧教势成水火。此外，泰西景教已随着海贸发展进入了天朝，民间还有白莲教之类的地下教派。黄太祖宣布，修仙有万法，所以允许民间自行创立新教，但各教派必须把自己的教经和教义全部公开，经宗律院审核批准后，才可正式传教，否则就以邪教论处。这个政策一出，处于地下状态的白莲教就带头接受了招安（据说在其总坛也发生了神像显灵事件，主角之一的白莲圣女后来嫁入宫中成了白莲贵妃——欧阳南关表示这剧情未免也太三俗了一点），并修改了教经和教义，彻底放弃了其原有组织机构。作为投名状，白莲教还把不肯就范的明教和弥勒教等兄弟教派全部卖给了朝廷，六大门派很快将其连根拨起。据说，暗三门中的净门，就是收编了白莲教的地下组织而建起的。随后，景教中也有“进步教士”起而响应，创建了符合朝廷要求，中西结合（奉盘古为上帝，老子为先知），具有天朝特色的天景教。
天朝宗律院规定，所有宗教组织皆不得在经济上牟利，但有发现谋私敛财者，一律以欺君渎神论罪。宗律院还组织全国学者，编制宗教人士必修教材，包括奥学、数学、历史（特别是各教的黑历史）、哲学、医学等知识，并且要考级拿证，从而享受不同等级的待遇（就是评级发薪水）。另外，所有宗教的修道者一律“欲练神功，必先自宫”，以表明自己修道之心的坚定，不肯自宫的，对不起，那就只是俗修和信仆。
最雷人的是，黄太祖在阅读了《大唐西域记》后，觉得印度的宗教辩论搞得不错，宣布参照执行，各教派寺庙之间可以相互辩论踢馆。辩论失败者，个人降级，寺庙降等，连战连败，降等为零者由胜者兼并之！每年春秋二季，全国开战，各个寺庙的历年战绩就挂在大门口，让所有路人和信众一目了然。黄太祖说了，物竞天兢，适者生存，只有用这种方法，才能不断鞭策后进，防止修行之人不务正业，误入歧途。
这一套政策执行下来，天朝各地的宗教势力都沸腾了，但是六大门派早有准备，淫僧恶道和邪教魔人一拿一个准，同时还张榜公布他们的黑材料，宣传到村。在铁拳镇压的同时，天朝来了个两手抓两手都要硬，公门六堂开始向帝国每个角落进军，在每个村镇里都兴建公祠，拜六公神，把宗教的阵地彻底占领，以釜底抽薪的方式，完成了天朝对宗教领域的征服、占领和改造。
各个被架空的宗教，基本丧失了自己的经济和信众基础，慢慢沦为了天朝手中的棋子。天朝宗律院的新花样百出，包括一家人不得只信同一种宗教（否则有谋反之嫌！），父母不得替子女选择宗教，允许民众同时信仰多个宗教，鼓励各教各派之间相互开展积极的学术交流和探讨（相互发掘对方的黑历史，攻击对方的思想体系，揭发对方教义里弄虚作假的成份，甚至拿奥学常识否定对方的学说）。每年的春秋宗教大辩战因为上门踢馆太过麻烦，更容易惹出地域事件，于是重新换成了天朝特色的国际宗教大专辩论赛。
黄太祖对此还嫌不过瘾，再次修改了春秋大辨战的规则和范围，搞成全国联赛，组队积分制，并增加了武术、乐器、书法、丹青、棋类甚至烹饪大赛，理由是信仆们也不能“埋没了才能”，整天在寺庙里吃白饭，要给他们一个出人投递的机会。到了后来，这位黄太祖无耻到宣布，因为某些出家人态度不端正，学习不积极，更不把奥数当回事，成绩差得说不过去，对研习天地之秘毫无敬仰之心，简直就是亵渎了天地神灵。于是，宗律院强行出台新规定，奥学和数学也进入全国联赛范围——和尚、道士、毛拉、教士、护法们齐聚一堂参加全国宗教界奥数大赛，这场面想想就让人醉了。千条万条，就是一条，绝不能让出家人闲着，要让他们一辈子考成绩，挣积分，升等级，不断进步。